La II sessione illustra il lungo periodo storico del Medioevo.
Nella prima parte vengono riprodotte alcune delle popolazioni – longobardi, normanni e vichinghi – che cambiarono la geografia politica europea.
Viene poi affrontato il periodo delle crociate sia quelle in Terra Santa sia le Crociate nei paesi del nord; sono esposti i guerrieri arabi, i cavalieri degli ordini militari e i pellegrini.
Si arriva così alla illustrazione della civiltà del basso medioevo, con la raffigurazione della cultura cortese e cavalleresca.
A conclusione il medioevo in Toscana, con i suoi cavalieri e assoldati.
Alla sessione medievale appartengono due preziosissimi e dettagliati diorami che mostrano l’esercito fiorentino e l’assedio di Castruccio Castracane al castello di Calenzano(1325), attuale sede del Museo.